Publikacja wyroku oznacza rozpoczęcie biegu terminu na złożenie przez podatników wniosku o wznowienie zakończonych postępowań podatkowych i sądowoadministracyjnych w sprawach dotyczących wystawiania pustych faktur przez pracowników.

Stosowny wniosek należy złożyć w terminie (licząc od publikacji wyroku TSUE):

• 1 miesiąca – w przypadku zakończenia postępowania decyzją organu podatkowego (art. 240 § 1 pkt 11 w zw. z art. 241 § 2 pkt 2 Ordynacji podatkowej);
• 3 miesięcy –  jeżeli decyzja została zaskarżona i rozstrzygnięta prawomocnym wyrokiem sądu administracyjnego (art. 272 § 3 ustawy Prawo o postępowaniu przed sądami administracyjnymi). 

Wznowienie postępowania podatkowego jest instytucją prawną prowadzącą do uchylenia ostatecznej decyzji, a więc takiej, w stosunku do której podatnik nie wniósł odwołania, albo odwołanie wprawdzie wniesiono, lecz nie zostało uwzględnione przez organ odwoławczy, przez co niekorzystana decyzja została utrzymana w mocy i podatnik zmuszony został do zapłaty podatku. Uchylenie decyzji na skutek wznowienia pozwoli odzyskać nadpłacony w tych okolicznościach podatek.

Jeżeli podatnik wniósł skargę do sądu administracyjnego od decyzji ostatecznej, która została prawomocnie oddalona, może żądać wznowienia postępowania sądowoadministracyjnego, co prowadzi do uchylenia wszystkich prawomocnych wyroków  dotyczących tej samej sprawy i ponownego orzeczenia przez sąd administracyjny co do istoty sprawy albo przekazania sprawy właściwemu wojewódzkiemu sądowi administracyjnemu do rozpoznania i rozstrzygnięcia. Procedura ta prowadzi do uchylenia przez sąd administracyjny niekorzystnej decyzji i odzyskania nadpłaconego podatku.

Podatnicy, wobec których nie wydano decyzji a wykazali dobrowolnie podatek mogą złożyć, na podstawie art.  74 Ordynacji podatkowej, deklarację korygującą, upoważniającą do zwrotu nadpłaconego podatku.